池田屋之變徹底激怒了長州派，導致長州勢力毅然進京，先頭部隊於六月二十四日抵達山崎和伏見，戰爭一觸即發。為了平息這場騷亂，孝明天皇於六月二十七日發表宣告，稱去年八月十八日政變是以天皇的意志而進行的，對於松平容保的行動深感欣慰，同時不允許長州藩入京。

儘管天皇的宣告否定了長州的行動，但長州並未善罷甘休，反而針鋒相對地將會津藩作為第一打擊目標，向朝廷和幕府發出陳情書，稱出兵的目的是為了對松平容保實行“天誅”。到了七月初，擔任皇宮守護總督的一橋慶喜（德川慶喜）集合在京都的各藩藩主，謀求勸說長州退兵的方針，席間松平容保堅決主張征伐長州。

在這僵持時期，長州一方出現分歧，強烈主張出兵的是真木和泉，而久坂玄瑞則主張應暫時退兵至兵庫，談談看再說。可惜當時大多數人都腦子發熱，贊同發兵的聲音佔壓倒性優勢，經過討論，決定於十八日晚上子時發兵。長州既已出兵，天皇便直接向慶喜下達“速速誅伐”的敕令。

十九日上午7時許，長州軍抵達御所，與守衛在蛤御門（禁裡九門之一）的會津藩、桑名藩的軍隊展開激戰。長州藩憋了一年的怒氣，士氣正旺，會津藩軍根本不是對手，然就在這千鈞一髮之際，薩摩藩裝備了新式槍炮的精銳部隊及時趕到，給予長州軍重創，腹背受敵的長州軍最終因戰鬥失利被迫撤退。

此時駐紮在山崎的長州軍也與越前、會津、薩摩等諸藩軍隊展開混戰，因寡不敵眾而敗退入鷹司宅邸。尊攘派的中心人物久坂玄瑞在此役中身負重傷，最終在鷹司宅邸自盡。之前主張發兵的真木和泉於二十一日戰敗自殺。此外，尊攘派的猛將來島又兵衛也在戰鬥中胸部受了重傷，最後自殺身亡。短短几個月內，長州藩損兵折將，松下村塾“三秀才”中有兩人相繼隕落。在這場被稱為“禁門之變”的戰鬥中，長州軍被輕而易舉擊敗，陷入滅亡危境。

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