“焚書坑儒”這種說法最初出現在西漢時期，司馬遷寫《史記》的時候，通篇隻字未提“坑儒”。“焚書”和“坑儒”雖然都出現在秦朝，但並不是同一件事。“焚書”的始作俑者並不是秦始皇嬴政，而是秦孝公在位時期的改革家商鞅。

《韓非子》記載：商鞅變法，對舊制度進行了大刀闊斧的改革，其中就包括“燔［fán焚燒］詩書而明法令。”

史上第二次焚書發生在秦始皇統一天下之後，首倡者為丞相李斯。大臣周青臣建議皇帝廢除由來已久的諸侯分封制，改為郡縣制，遭到了博士淳于越的堅決反對。丞相李斯不失時機進言，主張施行郡縣制。將全國劃分為三十六郡，建議秦始皇法令出一，禁止書生厚古薄今，迷惑百姓，除《秦記》、醫藥卜筮種樹之書之外，六國史書等其他書籍全部焚燒。秦始皇最終接受了李斯的建議，為實現帝國民眾思想、文化的高度統一，廢除分封制，改為郡縣制。

“坑儒”和“焚書”不是同時發生的，坑儒也不是活埋儒生、書生，而是方士、術士。秦始皇追求長生不老，很多方士、術士應運而生，如徐福、盧生、侯生等，這些人藉著給皇帝尋訪仙藥的機會，四處招搖撞騙，浪費了大量的財力物力。《史記》記載：秦始皇聽說一些方士、術士逃跑後，勃然大怒說：“吾前收天下書不中用者盡去之，悉召文學方術士甚眾，欲以興太平，方士欲練以求奇藥。今聞韓終去不報，徐巿等費以鉅萬計，終不得藥，徒奸利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。”

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